Meski MTsN 1 Kota Malang bebas kasus covid-19, namun mengingat berada di kawasan madrasah terpadu Jalan Bandung, Kota Malang. Dimana MAN 2, MIN 1 dan BA Restu 2 Kota Malang telah terjadi kasus baru covid-19. Maka sebagai bentuk antisipasi, MTsN 1 Kota Malang juga turut memberlakukan pembelajaran daring.
